През 2009 г. секциите по „Агротехника, физиология и икономика” и „Растителна защита” са обединени в един отдел -

“АГРОТЕХНИКА, РАСТИТЕЛНА ЗАЩИТА И ИКОНОМИКА НА КУЛТУРНИТЕ РАСТЕНИЯ”.

В състава на отдела са включени 16 специалисти - един професор, трима доценти, двама главни асистенти (шестима доктори), трима асистенти, един старши експерт, трима старши специалисти агротехници и трима старши специалисти лаборанти.

Научноизследователската дейност в отдела е насочена към:
• Установяване на биологически и стопански изгодни формировки при ябълка и череша и прилагане на подходяща резитба за формиране на короните и поддържането им през плододаващия период;
•  Оптимизиране хранителния режим при ябълка и череша чрез подходящо органо-минерално торене;
• Оптимизиране поливния режим на ябълката в условията на капково напояване;
• Идентифициране, етиология и епидемиология на гъбните болести по овощните видове.
• Проучване чувствителността на нови черешови, вишневи и ябълкови сортове към икономически най-важните гъбни и бактерийни болести в района и изясняване ролята на агротехниката върху развитието на болестите и неприятелите по овощните видове.
• Идентифициране на причинителите на вирусни болести по семковите и костилкови овощни видове. Проучване на разпространението им и характеристика на икономически най-важните вирусни болести.
• Установяване видовия състав и популационната динамика на основните вредители по черешата, вишнята, ябълката, малината и на техните биологични регулатори – хищници и паразити; ролята на екологичните фактори върху плътността на неприятелите и размера на щетите, които причиняват и разработване на борбата срещу тях.
• Разработване и внедряване на технологии за конвенционално, интегрирано и биологично производство на ябълки, череши и малини;
• Разработване и внедряване на технология за създаване и отглеждане на нов тип насаждение за ефективно и устойчиво ябълкопроизводство;
• Икономическа оценка на технологии за създаване и отглеждане на ябълкови и черешови насаждения;
• Установяване на подходящи технологии за отглеждане на броколи.