Институт по земеделие - Кюстендил е структурно звено на Селкостопанска Aкадемия към Министерство на земеделието и храните и е специализирано научно-изследователско учреждение за решаване на теоретични и практически проблеми на земеделието, внедряване на български и чужди постижения, оказване помощ на земеделските производители. Той е правоприемник на откритата със Заповед на МЗДИ  № 2646/ 19.12.1929 г. Овощарска опитна станция в гр. Кюстендил.
    След откриването си, това научно учреждение се превръща в първото средище не само на практическата, но и на научната овощарска мисъл в страната ни. Тук, през различно време, са работили видни учени в областта на овощарството.
    Днес, научните работници и специалисти се стремят да отговорят на всички предизвикателства, поставени пред земеделската наука и практика.

    Овощарската опитна станция в гр. Кюстендил започва своята дейност с директор ст.н.с. І ст. Тодор Захов. Проучва се интерстерилитета при черешови сортове и се установяват 3 интерстерилни групи. Изследва се степента на фертилност при сливови и вишневи сортове и влиянието на климатичните фактори върху размера на черешовата реколта в Кюстендилско. Провеждат се опити с химически средства за борба с болести по сливата и неприятели по ябълката. За първи път в България се правят цитологични изследвания при овощните растения.
    През 1939 г. директор на станцията е н.с. Петър Лилов. Той залага  агротехнически опит и започва изучаване на овощния сортимент в района. Поради липса на условия за работа си подава оставката. За кратък период Станцията се ръководи от участъковия агроном при Земеделската катедра Стоян Василев.
    През 1940 г. за директор е назначен ст.н.с. І ст. Цочо Спасов. В резултат на неговите усилия и настоятелност са издадени още два Указа, подписани от цар Борис ІІІ за оземляване на Опитната станция с 283 da от землището на с. Николичевци, край Кюстендил. Провеждат се помологични изучавания на черешовите сортове - Едра белвица, Переста белвица и Обикновена белвица, и се залагат агротехнически опити при ябълката и крушата.
    В края на 1944 г. Опитната и контролна станция прераства в Овощарски изпитателен институт. Обособени са 3 отдела: селекция и сортоизучаване, агротехника, растителна защита. Залагат се сортови и агротехнически опити по напояване, с клонови подложки, по растителна защита и др.
    През 1947 г. за директор на Института е назначен ст.н.с. І ст. Иван Илиев. Разширяват се започнатите  изучавания и по отношение биологията и средства за борба срещу икономически  важни болести - къдравост по прасковата, червени листни петна и кривули по сливата и неприятелите - черешова муха, ябълков плодов червей, ябълков цветопробивач. Започва работа за създаване на сливови сортове, устойчиви на червени листни петна и шарка, на кайсиеви – с продължителен дълбок покой, на ябълкови, крушови и прасковени с по-добри вкусови качества на плодовете и с различен период на зреене. За първи път в България се залагат опити за преодоляване на алтернативното плододаване и торене при ябълката със сидератни култури. Продължават изучаванията върху ябълкови клонови подложки и др. Научните работници проучват условията за развитие на овощарството по долините на реките Струма, Огоста, Искър и Места и участват в експедицията за създаване на полезащитни пояси в Добруджа.
    От октомври 1951 г. до началото на 1962 г. директор на Института е ст.н.с. Георги Ковачев. Той извършва две дооземлявания на Института, като тези площи (379 da) са обменени и комасирани със земи от ДПФ в съседни села, при които площта достига 662 da. В  землището на с. Коняво, Кюстендилско, се създава опитно поле от 52 da -  за опити  с кайсиеви и черешови сортове. Залагат се нови опити по агротехника и растителна защита. Изследва се диференциацията на плодните пъпки при ябълката, крушата, черешата и кайсията, като се изяснява влиянието на сорта, месторастенето, агротехниката и подложката върху протичането на тази фенофаза. Установяват се най-подходящи сидерати за ябълковите насаждения, торови норми, срокове и начини за присаждане при кайсията, влиянието на есенната оран върху продуктивността на ябълкови насаждения, най-подходяща предполивна влажност на почвата при поливане на ябълкови насаждения върху подложка М4. Продължават изучаванията върху чувствителността на сливовите сортове спрямо шарка и червени листни петна, на ябълкови – спрямо струпясване и брашнеста мана, на крушови – спрямо ръжда, струпясване и  кафяви листни петна. През 1951 г. се провежда  първият производствен опит със самолет за пръскане на черешовите насаждения срещу черешовата муха. Проучен е местният крушов сортимент, утвърдени са първите 3 български сливови сорта - Осоговска едра, Струмска синя и Кюстендилска ранна и прасковеният сорт 7-14, създадени в Института. Започва работа по селекция на черешата.
    През периода 1962–1967 г. директор на Института е чл.кор.проф. Йордан Стоичков. Той полага усилия за модернизиране на материалната база (лаборатории, оранжерии и др.) и  повишаване  квалификацията на научните кадри и помощния персонал. Площта на стопанисваната от Института земя се увеличава с 1000 da. Създават се 3 da оранжерии. Увеличава се броят на научния, помощния и административния персонал. През 1965 г. към Института се присъединява отделът по овощарство на Комплексната опитна станция в с. Негован, Софийско. Този отдел е пряк наследник на Централния земеделски изпитателен институт (1936–1952 г.), прерастнал през 1953 г. в Централен институт по овощарство край гара Костинброд, разформиран в 1963 г. и прехвърлен към Опитната станция в с. Негован. Залагат се първите съдови опити с овощни растения и се поставя началото на проучвания върху  кореновата система при ябълка, круша и слива и определяне торопотребността на овощните растения чрез листна диагностика. Създават се опитни насаждения за изучаване системите на засаждане и формиране, водно-хранителния режим при ябълката и крушата, сортоподложковите комбинации при черешата и крушата. Провеждат се първите опити в България за установяване ефекта на самолетното пръскане срещу струпясването, плодовия червей и акарите по ябълката, започват изучавания върху биологията и средствата за борба с брашнестата мана по ябълката и листозавивачките при черешата. Утвърдени са нови сортове: круша –Пауталия и череша – Победа, Кюстендилска хрущялка и Черна Конявска. Провеждат се селекционно-генетични проучвания при черешата и сливата. Започват проучвания за създаване на слаборастящи форми чрез въздействие с йонизираща радиация върху зелени резници от черешови сортове. Дейно се участвува в районирането на овощарството в Кюстендилски и други окръзи, слага се началото на икономическите проучвания при овощните култури.
    От  1967 г. до 1972 г.  директор на Института е ст.н.с. І ст. д-р Лулчо Христов.  През тези години се изгражда експериментална база (1968 г.) върху земите  на с. Николичевци, Кюстендилско. Назначават се млади научни сътрудници (по 4 специалности).  Откриват се  нови лаборатории. Слага се началото на вирусологичните изследвания при черешата и вишната, както и на целенасочено използуване на индуцирания мутагенез за ускоряване на селекционния процес, установяват се средства за борба срещу брашнестата мана по ябълката и листозавивачките, утвърдени са новите сортове кайсия - Фестивална и круша - Юбилеен  дар. През  периода 1967-1970 г. от САЩ и Канада са интродуцирани повече от 250 овощни сорта, между които 40 сорта нектарини и клингове, 9 – културна боровинка, 7 подложки и др. От внесените сортове 43 са включени в националния стандартен сортимент. Проектирано е и започва изграждането на система за напояване на опитните насаждения чрез дъждуване.                                                                                                                                       
    От 01.01.1972 г. за директор е назначен ст.н.с. І ст. д-р Стойне Манов. Отделът по овощарство край гара Костинброд се отделя като самостоятелна единица и  прераства в Опитна станция по ягодоплодни култури с директор В. Иванов. Утвърден е новият сливов сорт Изобилие. Чрез използуване на йонизираща радиация се създават няколко мутантни форми при черешата, отбрани са 4 черешови подложки. Приключват изучаванията върху формирането и резитбата на крушови и ябълкови сортове, най-подходящ предполивен режим и азотни торови норми за палметни ябълкови и крушови  насаждения. Получена е ценна информация за начините на поддържане на почвената повърхност в овощните насаждения. Направен е съществен принос в методологията на листната диагностика. Тласък получава изследователската дейност по растителна защита, включително изучаванията на вирусните болести по черешата. Започват изучаванията върху почвоуморяването в сътрудничество с Института по овощарство в гр. Дрезден –Пилнитц, Германия (ГДР). Институтът става  център за внедряване на научно-техническия прогрес в овощарството и школа за повишаване квалификацията на ръководни и изпълнителски кадри. Той отговаря за развитието на черешовото, вишневото и крушовото плодопроизводство в цялата страна и на ябълковото плодопроизводство в Югозападна и Северозападна България. В института се изготвят плановете и се съдействува за изграждането на 3 ябълкови комплекса в Кюстендилски окръг: “Драговищица“, ”Струма” и “Джубрена“  на площ от 29 000 da и черешово-вишнев пояс – на площ от 22 000 da. Установени са и се поддържат  ефективни връзки с Институт по поливно земеделие в Мелитопол, Украйна, Института по овощарство в Скерневице, Полша; Агрономо-лесовъдния факултет в Скопие, Македония.
    От 01.05.1981 г. за директор е назначен ст.н.с.І ст. д-р Кирил Дойчев. Продължават и се повишават усилията за задълбочаване и разширяване на научно-изследователската работа, повишаване квалификацията на сътрудниците и разширяване на материалната база. През 1982 г., с формиране на новата Селскостопанска академия в София, Института по овощарство гр. Кюстендил е включен в нейният състав като  самостоятелно научно звено. Положено е началото на разработване на въпросите, свързани с механизация в овощарството, разкрит  конкурс и назначен научен сътрудник. През 1985 г. на площ от 90 da е изградена система за капково напояване и заложени комплекс от опити с ябълкови сортове, сортоподложкови комбинации, напояване, торене и поддържане на почвената повърхност. Изградени са: комплекс с установки за вкореняване на зрели и зелени резници и комплекс по “тъканни култури” с лаборатория, адаптационни съоръжения и експериментален участък. Оборудвани и са пуснати в действие: лаборатория по агрохимия - 2 бр., вирусология, цитология, физиология и микробиология. Сключени са и се изпълняват двустранни договори за научно-техническо сътрудничество със сродни институти от Русия, Украйна, Молдова, Германия, Полша, Унгария, Чехия, Словакия, Сърбия, Македония, Гърция и др. Значително се повишава интродукционната дейност, обмена на технологии и научно-технически постижения.
    През ноември 1989 г. в страната настъпват драстични промени в обществено-политическия и икономически живот. Поредицата от реформи и реорганизации  засягат сериозно и Института. Първото осезаемо последействие  поражда Закона за възстановяване на собствеността върху земеделските земи и неговото реализиране на практика. Разформирана и ликвидирана е Експерименталната база, а имуществото й – предоставено на “Ликвидационен съвет”. Рязко се влошава финансовото състояние. Размерът на стопанисваната земя е сведен до 385 da.
    От март 1991 г.  за   директор  е  избран ст.н.с. д-р Здравчо Макариев. През 1993 г. в Института за период от 6 месеца работят 2–ма американски специалисти – Лари Холсби и Алън Лайнс, с чиято помощ е изградена служба “Екстеншънсървиз“, към която са преминали 3-ма научни сътрудници, 1 инженер и 1 среден техник  от наличния състав.
    От 20.04.1993 г. за директор е избран ст.н.с.І ст. д-р Димитър Домозетов. С положителен резултат се увенчават  усилията за запазване статута на Института. Нараства сведеният до минимум състав, разкриват се конкурси и се назначават нови научни сътрудници по специалности, отговарящи на новите потребности в земеделието. Признат е патент „Метод за локално торене на трайни насаждения, по-специално ябълкови”, авторско свидетелство „Средво за стимулиране коренообразуването на растенията” и приета „Технология за производство на ябълки при капково напояване” Полагат се усилия за допълнително оземляване, като след проверка на специална комисия от Министерството на земеделието, от Държавен поземлен фонд са предоставени в землищата на: с. Горна Гращица – 19 da, местността “Дренов дол” на гр. Кюстендил – 30 da за маточна градина, с. Горна Козница – 50,222 da, с. Згурово – 81,523 da и с. Берсин – 15,377 da, или общо 196,12 da.
    През 2000 г. Институт по овощарство гр. Кюстендил, КОС  гр.Сандански и ОСЯК гр. Костинброд се преобразуват в Институт по земеделие гр. Кюстендил. Няколко месеца по-късно КОС гр. Сандански е изваден от състава на Институт по земеделие - Кюстендил. През 2006 г. към Института е прехвърлена сортоизпитвателна станция в с. Багренци и обработваемите площи се увеличиха с нови  120 da.
    Започва изграждането на генбанки при ябълката, черешата, вишната и сливата. От ДСК са признати черешовите сортове Данелия и Стефания и подложките за череша и вишна – ИК-М8 и ИК- М9, както и сливов сорт Кюстендилска красавица. Предложен за признаване е един кандидат сорт череша и пет ябълкови хибрида. В резултат на провежданата интродукторска и селекционна работа е събран богат генофонд от над 800 сортообразци. В процес на проучване са над 1500 хибриди, като от тях при ябълката са отбрани като перспективни 63, при черешата 59, при вишната 8, ягодови 5, касисови 4 и 3 грозда. Като перспективни са отбрани и ябълковият сорт Монро, вишневите сортове Ферацида и Дуорф риич, черешовите Охридска и Приусадебная. С полева устойчивост на шарка са отбрани сортовете Чачанска най-боля, Чачанска лепотица, Валевка, Ашатан и Пасифик. Установени са 2 нови кръстосано-несъвместими групи от черешовите сортове Козерска и Гермерсдорфска с Българска хрущялка и Бинг, Наполеон, Ламберт и Стар с Охридска. Удължен е периода на беритба на вишневи плодове от 35 на 75 дни. Използват се методите на тъканните култури и ембриокултурите за селекция на нови сортове с ран и свръхран срок на зреене, сортове устойчиви на стресови абиотични фактори и тяхното бързо размножаване. Установени са най-подходящите форми и норми на минерално азотно торене при черешата. Предложена е усъвършенствана технология за отглеждане на черешата с три технологични решения - черна угар с органо-минерално торене, черна угар с минерално торене и храстовидна корона. Най-новите малинови сортове Люлин и Самодива се предлагат със специфични технологии като напълно завършен научен продукт. В начален етап е работата по събиране и създаване на колекционно  насаждение от десертни сортове лози, проучването им при екологичните условия на района и технологии за отглеждане на броколи.
    Утвърдени са два научни продукта за внедряване в практиката – създаване и отглеждане на ябълкова и черешова градина.